Aufgrund seiner außergewöhnlichen geistigen Fähigkeiten wird der High School Schüler Daimon Kaito als Kandidat für „Phi Brain“ ausgewählt. In Begleitung seiner Freundin Nanoha macht er sich auf, um sich in den Ruinen, die sich in der Nähe seiner Schule befinden, an einem scheinbar unlösbaren Rätsel zu versuchen. In die Ruinen führt sie ein tragbares Gerät, das sie vom Präsidenten des Schülerrats erhalten haben. Wie sich herausstellt, handelt es sich bei diesem Rätsel um das „Rätsel des Philosophen“, eine lebensbedrohliche Kreation der Gesellschaft „POG“. Kaito gelingt es dieses Rätsel zu lösen, aber dies stellt auch den Beginn eines Rätsel-Kampfes gegen POG dar.