Nach dem Zweiten Weltkrieg entwickelte das Alliierte Kommando in Japan eine neue Behörde, die bei der Bekämpfung von Terrorismus und Gewalt in der Pazifikregion helfen sollte. Die Agentur wurde mit Ninjas besetzt, die sich zunächst um innere Angelegenheiten kümmern sollten. Mit der Zeit wuchs das Programm zu seiner heutigen Form heran und verwaltete 20.000 Ninjas, die für eine Reihe von nationalen und internationalen Angelegenheiten zuständig waren. Einer dieser Ninjas ist Kudo. Der Oberschüler ist ein absoluter Versager und stellt sich zur Verfügung, die nächste Verteidigungslinie gegen eine mögliche Welle ausländischer Attentäter zu sein, die in Tokyo eindringen.