Neku erwacht mitten in Shibuyas belebter Scramble Crossing ohne Erinnerung daran, wie er dorthin gekommen ist. Was er nicht weiß, ist, dass er in eine alternative Existenzebene transportiert wurde, die als Underground bekannt ist. Jetzt ist er ein unfreiwilliger Teilnehmer des mysteriösen Reapers' Game und muss sich mit einem Mädchen namens Shiki zusammentun, um zu überleben...