Im Jahre 4084 ist es der Menschheit gelungen, neben der Erde noch andere Planeten zu bevölkern. Doch die Expansion ins All hat gnadenlose außerirdische Gegner auf den Plan gerufen, die nun begonnen haben, die Siedlungen der Menschen zu attackieren und zu zerstören. Lediglich der Planet Zion blieb bisher von den Angriffen verschont. Damit dies auch weiterhin so bleibt, werden für die bis an die Zähne bewaffneten Goddess-Kampfroboter neue Piloten gesucht. Einer der Anwärter auf den Job ist der 15-jährige Zero, der alles daran setzt, seinen Traum zu verwirklichen...