Ichise lebt in der unterirdischen Stadt LUX, in der Verzweiflung und Gewalt den Alltag bestimmen. Dies erlebt Ichise am eigenen Leib, als er eines Tages nach einen Wettboxturnier sowohl seinen Arm als auch sein Bein gewaltsam verliert. Dem Tode nahe behandelt ihn eine Ärztin, die die nächste Texhnolyze-Generation an ihm testet. Sie ersetzt seine verlorenen Körperteile durch künstliche, mechanische Gliedmaßen, die direkt durch den Geist gesteuert werden können. Dabei spielt ein seltenes, mysteriöses Material namens "RAFIA" eine entscheidende Rolle. Ein junges Mädchen namens Ran beeinflusst von nun an Ichises weitere Zukunft. Sie kann die unmittelbare Zukunft voraussehen; was genau jedoch ihre Beweggründe sind, und weshalb sie oft eine Maske trägt, bleibt mysteriös. Dennoch ist sie diejenige, die Ichise einen Weg aus der Finsternis zeigt, wenn für ihn schon alles verloren scheint...