Super Lovers handelt vom Oberschüler Haru Kaidou, der seine Sommerferien bei seiner strengen Mutter Haruko Daniela Dieckmann in einem Waldgebiet in Kanada verbringt. Dort angekommen, trifft er auch gleich Ren Kaidou, den neuen Adoptivsohn seiner Mutter. Ren ist ein überstürzt handelnder, kleiner Junge, der niemandem traut und lieber den ganzen Tag mit Harukos Hunden verbringt statt gesellig zu sein. Haruko gibt ihrem Sohn daher die Aufgabe, Ren bis zum Ende des Sommers zu „zivilisieren“.

Haru, der darum bemüht ist, seinem neuen Bruder zu helfen, erzielt erste Erfolge und während Rens Verhalten sich bessert, wächst auch die Beziehung zwischen den beiden. So weit, dass er Ren verspricht, ihn nach Japan zu holen, sobald Haru mit der Oberschule fertig ist, damit sie gemeinsam mit seinen Zwillingsbrüdern zusammenleben können. Unglücklicherweise kommt es zu einem schlimmen Autounfall, bei dem sowohl Harus Vater als auch seine Stiefmutter umkommen und er als einziger überlebt. Doch unversehrt überstand er den Unfall nicht, denn er verlor seine Erinnerungen an den Sommer, den er mit Ren verbrachte.

Fünf Jahre später kommt Ren nach Tokio und beansprucht Haru als seinen neuen „Bruder“. Wird Haru sich an sein neues Leben gewöhnen und sein Versprechen mit Ren halten können?