Kobato, der einst eine bittere Erfahrung bei der „Kopfarbeit“ gemacht hat, ist entschlossen, ein aufrichtiger Bürger zu werden. Gemeinsam mit einer Klassenkameradin, die das gleiche Ziel verfolgt, schließt er einen Pakt: Fortan zusammen an einer Oberschule ein ruhiges Leben zu führen. Doch kurz bevor dieser Traum wahr zu werden scheint, häufen sich mysteriöse Vorfälle und Katastrophen um sie herum …