»Shironeko Project: Zero Chronicle« erzählt die Geschichte zweier Königreiche – das Königreich des Lichts auf einer schwebenden Insel im Himmel und das Königreich der Finsternis auf dem Boden darunter. Beide sollen das Gleichgewicht zwischen Licht und Finsternis aufrechterhalten, doch der König der Finsternis hat diese Balance bereits vor einiger Zeit aufgegeben und begann ganz eigene Pläne zu schmieden …

Nachdem die Bewohner seines Heimatdorfs von wilden Monstern getötet wurden, nimmt ein junger Mann das Angebot eines sterbenden Ritters an, als sein Nachfolger in die Hauptstadt zu gehen – er selbst soll zum König der Dunkelheit werden und die Umstände für sein Volk verbessern. Währenddessen macht Iris, die Königin des Lichts, sich die Macht der Progenitor Rune zunutze, um ihren Teil der ewigen Abmachung einzuhalten und die Balance zu wahren, doch die Intrigen und die Untätigkeit des Königs der Finsternis lassen ihren Kampf aussichtslos erscheinen …