Isekai Shokudou handelt von dem Restaurant „Youshoku no Nekoya“, welches im ersten Untergeschoss eines Einkaufsviertels in der Nähe eines Bürokomplexes liegt. Obwohl normalerweise nur einfache Geschäftsleute in dem Restaurant speisen, besitzt es aber auch ein Geheimnis: Jeden Samstag, an dem das Restaurant eigentlich geschlossen ist, wimmelt es in Nekoya nur so von ganz besonderen Kunden. Für die Büroangestellten ist Nekoya damit ein vertrauter Ort mit vertrauten Gerichten, doch für die Kunden, die am Samstag einkehren, ist es nichts weiter als eine Küche, von der sie noch nie etwas gesehen oder gehört haben.