Im Frühjahr seines zweiten Oberschuljahrs wechselt Ren Amamiya auf die Shûjin-Schule. Gleich zu Schulanfang erwacht in Ren durch ein besonderes Ereignis seine Persona-Fähigkeit. Mit seinen neuen Freunden gründet er die Organisation „Phantom Thieves of Hearts“, die gemeinsam versuchen, die Erwachsenen von ihren verdorbenen Begierden zu befreien, indem sie in deren Unterbewusstsein ihre Herzen stehlen. Doch bald wird die Stadt von umherwütenden Geistern ins Chaos gestürzt… In der hektischen Großstadt Tokyo verbringt die Gruppe ihr Leben als ganz normale Oberschüler, doch nach dem Unterricht ziehen sie als „Phantom Thieves of Hearts“ im Hintergrund die Fäden. Der Vorhang fällt zu diesem Diebescoup!