Ein riesiges neunschwänziges Fuchsmonster greift das Dorf Konohagakure an und zerstört alles in seiner Umgebung. Viele tapfere Ninjas sterben bei dem Versuch ihre Familien zu beschützen und das Dorf zu verteidigen. Schließlich schafft es ein einzigartiger Ninja den Dämon zu bändigen und schließt ihn in den Körper eines Neugeborenen ein. Jedoch muss dieser Held, der Hokage der vierten Generation, einen hohen Preis zahlen. Er verliert sein Leben bei der Rettung des Dorfes.

12 Jahre sind nach diesem Unglück vergangen, der Junge Naruto Uzumaki, ein etwas tollpatschiger Ninja, hat gerade seine erste Abschlussprüfung an der Ninja-Akademie bestanden. Nachdem er nun die erste Hürde auf dem Weg ein großer Ninja zu werden bestanden hat, macht er sich mit seinen beiden Freunden auf, um viele Missionen für das Dorf zu erledigen. An seiner Seite steht das junge Mädchen Sakura Haruno, in die Naruto unsterblich verliebt ist und der junge Musterschüler Sasuke Uchiha, in den wiederum Sakura unsterblich verliebt ist. Dies führt zu vielen spannenden und lustigen Situationen bei der Erfüllung ihrer Missionen.