Rokujou Miharu verfügt über die Fähigkeit des »Hijutsu«, eine verborgene Technik, die in seinem Inneren lebt. Dieses Hijutsu ist die Kraft der Schöpfung. Viele Ninjaclans wollen diese Technik lernen, weil derjenige, der sie besitzt, der Herrscher der Ninjawelt ist. Rokujous Klassenkamerad Kouichi Aizawa hat zusammen mit seinem Englischlehrer Thobari Kumohira einen Club namens »Nindou« gegründet. Beide sind in Wirklichkeit Ninja und versuchen erfolglos Rokujou zu überreden, dem Club beizutreten. Doch nachdem er von einer Gruppe Ninja angegriffen wird, entscheidet er sich um und tritt dem Club doch bei. Um zu überleben, muss er der Herrscher von Nabari werden. Ob er das wirklich schafft?