300 Jahre sind seit dem großen Krieg vergangen, es gibt großen technologischen Fortschritt und die Menschen haben erfolgreich den Mars besiedelt. In dieser Welt lebt Augus Mikazuki, ein Mitglied der privaten Sicherheitsfirma CGS, der als Bodyguard der Diplomatin Kudelia Aina Bernstein fungiert, die für die Unabhängigkeit des Mars von der Erde eintritt.

Der Unabhängigkeitsbewegung der CGS stellt sich schnell eine Armee der Erde entgegen und um sich und ihre eigenen Geschäfte zu sichern, opfern die Ranghöchsten Mikazuki und seine Mannschaft. Somit steht Orga Itsuka mit seiner Mannschaft rund um Mikazuki, die zum größten Teil aus Jungen besteht, allein auf dem Schlachtfeld und nutzt die Gelegenheit zu einem Staatsstreich gegen seine Anführer. Als eigenständige Rebellen stellen sie sich nun dem Kampf und Mikazuki muss auf eine der ältesten und gefährlichsten Kampfmaschinen zurückgreifen ‒ den Gundam Barbatos.