»MegaMan NT Warrior« spielt in einer parallelen Variante unserer Gegenwart, in der die Technisierung des Alltags weiter fortgeschritten ist. Es gibt niemanden, der kein Persönliches Computerterminal (kurz PET) besäße. Diese handlichen Computer sind alle miteinander über das Internet verbunden und auf jedem dieser PETs läuft daher ein sogenanntes NetNavi, eine künstliche Intelligenz, die der Abwehr von Viren und anderen schädlichen Programmen dient. Kämpfe zwischen verschiedenen NetNavis erfreuen sich hoher Beliebtheit bei den Benutzern. Netto Hikaris NetNavi ist Rockman – eine KI, die nebenbei auch noch sein bester Freund ist. Sie wollen es an die Spitze der Net-Kämpfer schaffen und müssen außerdem noch zahlreiche andere Abenteuer im Netz bestehen …