MARS RED spielt im Jahr 1923, und Vampire gibt es schon eine ganze Weile. Aber jetzt steigt die Zahl der Vampire und eine mysteriöse, künstliche Blutquelle namens Ascra ist aufgetaucht. Die japanische Regierung wiederum gründet Code Zero, eine Einheit innerhalb der Armee, die die Aufgabe hat, die vampirischen Kräfte zur Strecke zu bringen. Und wie könnte man Vampire besser aufspüren als mit Hilfe von Vampiren?

Diese von Generalleutnant Nakajima geschaffene Einheit war in der Vergangenheit für den Informationskrieg zuständig, wurde aber nun mit der Lösung der Vampirkrise betraut. Es liegt an Code Zero und dem S-Klasse-Vampir Deffrot, diese Zunahme zu untersuchen und ihr Einhalt zu gebieten, bevor die Gesellschaft zerbricht.