In Maji de Watashi ni Koi Shinasai ist die Stadt Kawakami für seine früheren Samurais berühmt. Ein gesunder Kampfgeist ist immer geschätzt und ist dort sogar ein wichtiger Faktor für den Erfolg in der Schule. Yamato, ein Schüler im zweiten Schuljahr in der Kawakami Highschool, verbringt viel Zeit bei seinen Freunden. Sie kennen sich schon seit ihrer Kindheit und haben viele Dinge gemeinsam gemacht. Sie haben sogar eine geheime Basis, wo sie sich treffen. Mit dem neuen Semester begrüßen sie zwei Mädchen in ihrer Gruppe und bald beginnen sich die Dinge zu ändern.