Magia Record: Mahou Shoujo Madoka Magica Gaiden ist eine Side-Story zum bekannten »Mahou Shoujo Madoka Magica«-Franchise, die auf dem gleichnamigen »Magia Record«-Smartphone-Spiel basiert. Im Mittelpunkt steht diesmal nicht Madoka selbst, sondern die junge Iroha. In dem florierenden Städtchen Kamihama finden sich geleitet von einer mysteriösen Macht mehr und mehr Magical Girls ein, die mit ihren von Hexen bezogenen Kräften in die Schlacht ziehen. Auch Iroha, die eines Tages nach Kamihama kam, um dort nach ihrer verschwundenen Schwester Ui zu suchen, schließt sich den übrigen Magical Girls an. Es dauert nicht lang, bis auch eine alte Bekannte ihren Auftritt hat: Homura Akemi, die in Kamihama nach einem Weg sucht, um Madoka zu retten. Nur weiß Madoka selbst davon nichts …

So findet auch Madoka ihren Weg in die Stadt, um dort ihre vermisste Freundin Homura zu finden und die Schicksale der drei Mädchen – Iroha, Madoka und Homura –, die alle um diejenigen kämpfen, die sie lieben, werden auf merkwürdige Weise miteinander verknüpft …