Maburaho dreht sich um den siebzehn Jahre alten Kazuki Shikimori. Er geht auf eine Eliteschule, die ihren Schülern die Kunst der Magie lehrt. Aber bei seinen Noten ginge es wohl schneller von hinten anzufangen zu zählen. Wenn das nicht schon genug wäre, kann er nur achtmal Magie in seinem ganzen Leben anwenden. Wenn er diese acht Male verbraucht hat, wird sein Körper zu Staub zerfallen. Um dies zu vermeiden, verbringt er sein Leben in Depression, Niedergeschlagenheit und ohne den Gebrauch von Magie. Zu seinem Leidwesen gehört Magie für seine Mitschüler jedoch zum Alltag.

Eines Tages taucht vor ihm plötzlich ein Mädchen namens Yuuna Miyama auf. Sie sagt zu ihm: „Von heute an sind wir Ehemann und Ehefrau“. Noch bevor er sich von diesem Schock auch nur annähernd erholen kann, kommen auch schon Kuriko Kazetsubaki und Rin Kamishiro dazu. Die beiden haben nur ein Ziel: Seine Gene. Es ist nämlich bekannt geworden, dass sein Sohn der mächtigste Magier der Welt werden wird.