Die Geschichte handelt von Akko, die als Kind eine Show der Hexe Shiny Chariot sah und seitdem davon träumt, selbst eine Hexe zu werden. Sie schreibt sich in die Luna Nova Academy ein, eine Schule für Hexen, auf der Shiny Chariot selbst studierte. Dort trifft sie neue Freunde und startet ein neues Schulleben. Auf der Schule hat sie Unterrichtsfächer, in denen sie unter anderem das Fliegen auf einem Besen oder die Wunder der Magie lernt; aber Akko sowie deren Freunde Lotte und Sucy werden immer wieder in turbulente Ereignisse verwickelt.