„Juushinki Pandora“ spielt in einer alternativen Welt, in der im Jahr 2031 mit der Entwicklung des sogenannten „Quantum Reaktors“ urplötzlich eine radikale Energiewende eintrat. Als Folge ging nicht nur durch die gesamte Infrastruktur eine Welle der Veränderung, auch die Menschen und Maschinen blieben nicht unbeeinflusst. Doch besonders die als Biological Revolutionary of Accelerated Intelligence (B.R.A.I.) bekannten Wesen profitierten von der mysteriösen Energie und drängten die Menschheit schon bald an den Rand der Ausrottung. Man bezeichnete jene Revolution als die „Xianglong Crisis“.

Sieben Jahre nach den dramatischen Ereignissen widmet sich Leon, der die Xianglong Crisis selbst miterlebte, ganz der Forschung zur Bekämpfung der B.R.A.I. Seit er einen Pakt mit einem Mädchen namens Chloe schloss, leben die beiden abseits der Gesellschaft und vergessen während des alltäglichen, sorglosen Lebens beinahe, welch Unheil jederzeit hereinzubrechen droht.