Toji no Miko handelt von Schrein-Mädchen, welche seit der Antike die Welt beschützen, indem sie seltsame Existenzen, sogenannte „Aratama“, mit ihren Schwertern exorzieren. Diese Mädchen nennt man auch „Toji“ und sie dienen als offizielle Einheit der Polizei. Zusätzlich haben sie von der Regierung die Erlaubnis als Regierungsbeamte zu dienen und Schwerter zu tragen. Doch das ist noch nicht alles, denn die Regierung hat extra für diese besonderen Mädchen fünf Schulen im Land errichtet. So können sie neben ihren Pflichten auch ein ganz normales Leben führen, werden aber auch auf ihre eigentlichen Aufgaben vorbereitet, um die Menschen zu beschützen.

Jedes Jahr im Frühling wählen die fünf Schulen ihre besten Toji aus und schicken sie zu einem Turnier, wofür die Mädchen hart trainieren, damit sie ihre Schule entsprechend repräsentieren und ihre Fähigkeiten verbessern können.