Die Menschheit verlor die Kontrolle über die See. Die Bedrohung der "dunklen Seeflotte" hat die Meere besetzt. Nur eines kann diese Bedrohung noch unter Kontrolle bringen: Kan-musume, die Kriegsschiff-Mädchen. Sie enthalten den Geist der Marineschiffe vergangener Tage.

Die Basis, gegen die dunkle Seeflotte anzukämpfen, bietet Chinjufu. Dort leben verschiedene Kan-musume zusammen und arbeiten täglich hart, indem sie trainieren und sich anderen Dingen widmen. An einem Tag erschien eine neue Kan-musume auf Chinjufu, die sich als Special-Klasse eines Zerstörers herausstellt. "Ich bin Fubuki! Nett, euch kennenzulernen!". Fubukis Geschichte beginnt nun, genau wie die der anderen Kan-musumes.