»Kanon 2006« ist die zweite Anime-Adaption des Ren’ai-Adventures »Kanon« aus dem Jahre 1999, die die Geschichte mit opulenter Optik in 24 Episoden noch einmal ganz neu erzählt. Yuuichi Aizawa kehrt erstmals nach sieben Jahren in die namenlose Stadt zurück, in der er als Kind stets seine Ferien verbrachte. Doch ein traumatisches Ereignis aus dieser Zeit verhindert, dass er sich an die Vergangenheit erinnert. Neben seiner Cousine Nayuki, trifft er auf einige mysteriöse Mädchen: Ayu, die etwas Wichtiges verloren hat. Makoto, die Yuuichi auf den ersten Blick nicht zu mögen scheint. Mai, die gegen Dämonen kämpft. Und Shiori, die trotz einer Krankheit immer wieder auf dem Schulhof erscheint. Während Yuuichi den Mädchen näherkommt, muss er feststellen, dass seine verlorenen Erinnerungen eng mit ihrem Schicksal verbunden sind …