Tokio, zehn Jahre nach dem zweiten Weltkrieg. Das Land erholte sich langsam wieder, stand nun aber unter der Kontrolle einer Besatzungsmacht. Durch den schnellen Wiederaufbau der Wirtschaft gab es viele Arbeitslose, die in die Städte strömten. Das wiederum verstärkte die Slumbildung, welche ein Nährboden für Kriminalität war.

Dem nun wachsenden Einfluss einer Antiregierungsbewegung stand die Polizei machtlos gegenüber, was eine ernstzunehmende Krise in der Gesellschaft verursachte. Um nun die eigenen Streitkräfte aus den innenpolitischen Angelegenheiten fern zu halten und gleichzeitig die Polizei an ihrem Vorhaben zu hindern, zur Staatspolizei zu werden, wählte die Regierung einen dritten Weg. Sie schuf die Hauptstadtpolizei mit ihrer kampfstarken Spezialeinheit, die dem Ausschuss für öffentliche Sicherheit direkt unterstellt war. Ihr Aktionsgebiet war allerdings auf die Hauptstadt beschränkt, wo sie als Wächter der öffentlichen Sicherheit galten. Die Situation änderte sich allerdings radikal, als der sogenannte Feind der Hauptstadtpolizei für verfassungswidrig erklärt wurde und sich auflöste. Aus einigen Splittergruppen formte sich nun eine Terrororganisation, genannt »die Sekte«.

Die Härte der Auseinandersetzungen zwischen der Sekte und der Spezialeinheit, dem Kern der Hauptstadtpolizei, nahm zu und ihre Konfrontationen erreichten mehr und mehr die Ausmaße von Straßenschlachten. Dies löste eine heftige Kritik gegen beide Seiten aus. Da sich die wirtschaftliche Lage langsam besserte und die Menschen wieder mehr Hoffnung bekamen, trieben die Spezialeinheit und die Sekte in die Isolation ab. Der historische Auftrag der Spezialeinheit, die auch Kerberos genannt wurde, ging allmählich zu Ende, aber nun erhielten sie einen neuen und gleichzeitig endgültigen Auftrag.

Vor diesem Hintergrund spielt nun Jin-Roh. Nach einem Bombenanschlag der Sekte stellt Kazuki Fuse, Angehöriger der Spezialeinheit, ein junges Mädchen, das als Waffenkurier für die Sekte arbeitet. Anstatt sie zu erschießen, zögert Fuse und sieht mit an, wie sie sich mit ihrer mitgeführten Wurfbombe selbst sprengt. Durch die nun folgenden Disziplinarmaßnahmen muss Fuse die Ausbildung wiederholen und gerät unter Beobachtung. Wenig später lernt er ein Mädchen kennen, das sich als die Schwester des Waffenkuriers vorstellt. Es entwickelt sich eine ungewöhnliche Beziehung zwischen den Beiden, die allerdings bald auf eine harte Probe gestellt wird …