Piloten eines Infinite-Stratos-Waffensystems lernen den Umgang mit solch einem System nicht in jeder x-beliebigen Schule, sondern in der IS-Akademie. Dies ist eine spezielle Schule zur Ausbildung der Piloten eines IS. Ein IS ist ein Waffensystem, welches (wieso auch immer) nur von Frauen bedient werden kann. Aus diesem Grund werden Pilotinnen aus der ganzen Welt eingeflogen um ihre Ausbildung an dieser Akademie zu machen. Doch in diesem neuen Jahrgang ist ein Junge, der weltweit einzige Mann, der einen IS bedienen kann. Aus diesem Grund wurde er, genau wie seine Kindheitsfreundin Houki Shinonono, an die Akademie gebracht um seine Ausbildung anzutreten.