Während einer Spritztour mit seinem Schulfreund Rivalz wird Lelouch, der unter falschem Namen auf die Ashford-Akademie geht, unfreiwillig in ein Gefecht zwischen japanischen Widerstandskämpfern und britannischen Besatzungstruppen gezogen. Er trifft dabei seinen Jugendfreund Suzaku Kururugi wieder, den Sohn des letzten japanischen Premierministers, der jetzt als Fußsoldat für Britannien tätig ist. Er befreit C.C. aus einer Versuchseinrichtung, welche ihm kurz vor seiner Erschießung durch einen Britannischen Soldatentrupp das Geass verleiht. Ihm wird klar, dass er als Träger seines Geass der einzige ist, der die Welt verändern, das Britannische Reich zerschlagen und ein lebensfreundliches Umfeld und Schutz für seine erblindete, gelähmte Schwester Nunnally schaffen kann. Nachdem er den Soldaten den Suizid befohlen hat, beschafft er sich einen Knightmare und übernimmt das Kommando über die japanischen Kämpfer. Er legt sich eine Verkleidung sowie den Decknamen Zero zu und gründet den Orden der schwarzen Ritter. Dies zwingt den Befehlshaber und Generalgouverneur von Japan und 4. Thronfolger des britannischen Reiches, Clovis la Britannia, auf die neue Knightmare-Einheit Lancelot zurückzugreifen. Lelouch schafft es jedoch, sich Zutritt zu Clovis' Kommandozentrale zu verschaffen und tötet ihn, nachdem er erfolglos unter Einsatz des Geass den Mörder seiner Mutter hatte erfahren wollen.

Suzaku verhindert währenddessen als Pilot des Lancelots einen Sieg der japanischen Rebellen, wird aber danach als Sündenbock für den Tod von Clovis verantwortlich gemacht. Kurz vor seiner Exekution wird er von Lelouch befreit, der den Widerstand koordiniert. Suzaku lehnt es allerdings ab, mit ihm zusammenzuarbeiten, da seiner Meinung nach ein Wandel nicht mit Gewalt, sondern von innen heraus erfolgen muss. Die Folge dieser Meinungsverschiedenheit ist ein Krieg auf Leben und Tod.