Alles begann mit einer seltsamen Erscheinung - einer grellen Lichtsäule mitten in der Nacht. Seitdem verschwinden Leute und es geschehen unerklärliche Selbstmorde und Morde. An allem scheint die Todesgöttin Boogiepop beteiligt zu sein und Nagi macht es zu ihrer Aufgabe, Boogiepop zu stellen und das Geheimnis um ihr Erscheinen in der Stadt zu ergründen.

Boogiepop Phantom ist eine Reihe lose zusammenhängender Einzelgeschichten, in deren Verlauf der Zuschauer nach und nach, aber nicht unbedingt in der richtigen Reihenfolge, in das Geheimnis um Boogiepop eingeweiht wird. Die entscheidenden Hinweise zu finden und zu enträtseln stellt den Zuschauer vor eine spannende aber nicht gerade leichte Aufgabe, die diese Serie zu einer fesselnden und nervenaufreibenden Mystery-Serie macht.