Die Welt wurde praktisch vernichtet, als ein Projekt zur Automatisierung zahlreicher Arbeiten mächtig nach hinten losging; die zentrale KI des Projekts kam zum Schluss, die Menschheit besser auszurotten. Widerstand seitens der Menschen war zwecklos, und so unterlagen auch die drei kampferprobten Mädchen Empress, Dead Master und Strength den Horden an Robotern.

Im Jahr 2062, also 20 Jahre später, erwacht besagte Empress in einem unterirdischen Labor, jedoch ohne Erinnerungen. Sie trifft auf die Geschwister Norito und Miya, doch das Kennenlernen fällt kurz aus, weil die drei schon bald zum Ziel etlicher Roboter werden. Dank eines mit KI ausgerüsteten Motorrads treffen sie bald auf die Widerstandsarmee und erfahren davon, dass diese sich im Krieg mit der KI Artemis und deren Roboterarmeen befindet. Empress hingegen gehörte einst zu einer Gruppe von Mädchen, die speziell für den Kampf gegen Maschinen geschafften wurden – den sogenannten Hemitheos Units.

Empress sieht nun schwierigen Zeit entgegen, denn sie kann sich weder an vergangene Zeiten erinnern noch ist sie kämpferisch auf der Höhe. Sie und die Widerstandsarmee bekommen es vor allem mit einem Kult namens Educational Institution zu tun, der Menschen versklavt, quält und letztendlich umbringt. Empress’ alte Gefährtinnen, Dead Master und Strength, tauchen auch bald auf, aber von Wiedersehensfreude kann keine Rede sein: Beide scheinen nicht mehr sie selbst zu sein und wollen Empress regelrecht ans Leder …