Wir schreiben das Jahr 3 der Keio-Ära, Iapan, Ädo. Während politische Umwälzungen das Land in Aufruhr versetzen, träumt der junge Kū Bashin davon, durch Standard Battle Spirits stärker zu werden. Doch als er den herrenlosen Samurai Araja Zetsu trifft, einen exzellenten Eternal Battler, der von shogunatsfeindlichen Kräften verfolgt wird, begleitet er ihn auf dessen Reise und schreibt Geschichte.