Auf den Weltmeeren taucht eines Tages die mysteriöse Nebelflotte auf und vertreibt dank überlegener Waffentechnologie die Menschen aus den Meeren. Somit sind auch die internationalen Handelswege unterbrochen. Jahre später tritt Chihaya mit seiner Crew und ihrer neuesten Errungenschaft, einem übergelaufenen I-401 U-Boot der Nebelflotte, den Kampf gegen die ungebetenen Gäste an.