Die Geschichte spielt am Ende des 21. Jahrhunderts, als die Entdeckung einer neuen Energiequelle namens DG-Energie (kurz für göttliche Gnadenenergie) die Wirtschaft der Erde revolutioniert und der Menschheit die Kolonisierung des Weltraums ermöglicht hat. Als die erste Expedition den Pluto erreicht, wird sie jedoch von einer mysteriösen, riesigen Lebensform namens Nergal angegriffen.

Die Armee der Erdallianz schlägt zurück, indem sie eine AG-Einheit mit antiken Roboterwaffen namens G039s Frame schafft, die an archäologischen Stätten auf der ganzen Welt ausgegraben wurden. Mädchen mit besonderen Eigenschaften, die als Ancient Girls bekannt sind, können diese Roboter gegen den Nergal steuern. Die erste AG-Einheit erleidet jedoch schwere Verluste in der Jupiter-Trojaner-Kampagne, und die Pilotin der Einheit 04, Reiu Minamiya, wird im Einsatz vermisst...

Jahre später meldet sich Reika Minamiya, die jüngere Schwester von Reiu, bei der AG-Einheit, um nach ihrer Schwester zu suchen und die Erde vor dem Nergal zu schützen. Es folgt eine Geschichte über Freundschaft, uralte Roboterwaffen und Kämpfe auf Leben und Tod mit dem Nergal.