Der Anime handelt von Yukito Kunisaki, einem Reisenden, der schon seit Jahren nach dem „Mädchen im Himmel“ sucht. Die Legende über das geflügelte Menschenwesen wird in seiner Familie seit Generationen weitererzählt, damit eines Tages ein Nachkomme das tragische Schicksal jenes sagenhaften Mädchens zum Positiven verändert.

Auf seiner Reise kommt Yukito in eine kleine Stadt am Strand, wo er das geheimnisvolle Mädchen Misuzu trifft, das unbedingt mit ihm Freundschaft schließen möchte. Somit nimmt eine Geschichte ihren Lauf, deren Wurzeln mehrere tausend Jahre in der Vergangenheit liegen …