Durch Medikamente oder Hypnose kann man in Menschen sogenannte Esper-Fähigkeiten wecken. Doch über seine eigene Fähigkeit ist Kamijyou Touma nur mäßig begeistert. Es ist nämlich die mächtigste Esper-Fähigkeit überhaupt, was, neben dieser zunächst positiven Tatsache, ziemliche viele Nachteile mit sich bringt. Kurz gesagt: Er hat einfach ständig unglaubliches Pech. Bei den Mädels ist er unbeliebt, wird andauernd von anderen Espern zu Duellen herausgefordert und ist deshalb eigentlich ständig auf der Flucht.

Toumas Leben ändert sich allerdings radikal, nachdem er ein kleines Mädchen namens Index kennenlernt. Index ist eine Nonne der Kirche in Academy City. Allerdings ist sie nicht irgendeine gewöhnliche Nonne, denn sie hat das Wissen von über 103.000 Büchern. Bald wird Touma klar, dass es sich bei diesen Büchern nicht um gewöhnliche Bücher handelt. Darüber hinaus muss er feststellen, dass es bestimmte Organisationen gibt, die das Wissen von Index an sich bringen wollen und dafür skrupellos über Leichen gehen.
So verquicken sich die Schicksale von Touma und Index – ehe er sich versieht, ist er Hals über Kopf in ein Abenteuer riesigen Ausmaßes verstrickt.