Eines Tages verschwindet plötzlich eine Stadt. Takuya, ein professioneller Kurier und ein Einzelgänger, trifft auf Yuki, die einzige Überlebende der zerstörten Stadt. Die beiden folgen der Nachricht von Yukis Vater, der verschollen ist und gehen in die verschwundene Stadt Lost.

Bald treffen die beiden auf unvorhergesehene Hindernisse, wobei die Realität für Yuki besonders schockierend ist. Vor ihnen liegen die Gefühle der Zurückgebliebenen, eine mysteriöse Gruppe, die aus dem Schatten heraus agiert und eine Verschwörung. Takuya und Yuki, die einst Fremde waren, können während der Reise ihre Bande vertiefen und das Geheimnis der verlorenen Stadt lüften.