Im Jahr 2035 entsteht während eines wissenschaftlichen Projektes eine künstliche Lebensform, der man den Namen Matter gibt. Diese gerät außer Kontrolle und verteilt sich im Kurobe Korge in den japanischen Alpen. Dieser Unfall erhält die Bezeichnung Burst. Die Wissenschaftsstadt, von der einst gesagt wurde, dass sie die Hoffnung der Menschheit sei, wird durch die Regierung komplett abgeriegelt und jeglicher Zutritt gesperrt.

Zwei Jahre später erfährt die 15-jährige Aiko Tachibana, die ihre komplette Familie durch den Burst verloren hat, von ihrem neuen Mitschüler Yuya Kazaki etwas Unglaubliches. In ihrem Körper befindet sich ein Geheimnis und die Lösung dieses Rätsels befindet sich am Ursprungsort – dem Zentrum – des Unfalles Burst.