In Nogizaka Haruka no Himitsu geht es um Yuto Ayase und Haruka Nogizaka. Im Gegensatz zu Haruka, die intelligent, hübsch und reich ist, scheint Yuto nur ein ganz gewöhnlicher Schüler zu sein. Haruka, auch bekannt als „Nuit Étoile“ oder „Lumière du Clavier“, wird von ihren Mitschülern sehr bewundert und zum Vorbild genommen.

Eines Tages will Yuto ein ausgeliehenes Buch der Schulbücherei zurückgeben, als er unwissentlich auf Harukas tiefstes und dunkelstes Geheimnis stolpert: Sie ist ein absoluter Anime- und Mangafan oder anders ausgeddrückt ein ganz normaler Otaku. Yuto verspricht Haruka, ihre Leidenschaft geheim zu halten und wird zu ihrem Berater und Vertrauten – schnell bekommt er jedoch den Neid seiner Mitschüler zu spüren …