Mit dem plötzlichen Auftauchen der „Drachen“ genannten Monster, veränderte sich die Welt vollkommen. Schon bald wurden unter den Menschen übernatürliche Mädchen, genannt „D“, mit den Kräften der Drachen geboren. Der einzige männliche „D“ Mononobe Yuu, dessen Existenz eigentlich geheim war, wird gewaltsam zu der Schule Midgar gebracht, wo sich die „D“-Mädchen gesammelt haben. Dort sieht er nicht nur Iris, eine der Schülerinnen, nackt, sondern er trifft auch seine verschollene Schwester Mitsuki wieder.