Nach einer gewaltigen Invasion wurden 90 % der Menschheit ausgelöscht. Die wenigen Überlebenden fristen ihr Dasein in einem Versteck, in dem ihr Leben überwacht und jeglicher Hinweis auf die Katastrophe vernichtet wird. Drei Jugendliche erhalten das Privileg, einen eigenen Roboter zu steuern, mit dem sie sich zum Musashi-Roboter zusammenschließen können. Von nun an ist das Leben der jungen Piloten ein Wechselspiel zwischen Roboter-Action und Schulalltag.