„Stella Jogakuin“ erzählt von den Abenteuern von Yura Yamato, die gerade erst als Schülerin an der Stella Akademie für Mädchen aufgenommen wurde und schnell dazugehören möchte.

Ihre neugewonnene Freundin und Mitbewohnerin Sonora Kashima, die bereits die dritte Klassenstufe der Akademie besucht, lädt sie ein, dem Club C³ beizutreten, dem Sonora als Präsidentin dient. Zwei weitere Freundinnen Sonoras, Honoka Mutsu und Karira Hatsuse, sowie Rento Kirishima und Hinata Yachiyo - allesamt Schülerinnen der ersten und zweiten Klassenstufen - sind ebenfalls Mitglieder von C³. Erst nachdem Yura Mitglied im Club geworden ist, wird ihr klar, dass hier Survival Games simuliert werden und C³ in diesem Fall für Command, Control und Communication steht.

Kein Wunder also, dass die anderen Mädchen mit Luftgewehren rumlaufen, ...oder?