Kore wa Zombie Desu ka? erzählt die Geschichte von Ayumu Aikawa, welcher bei einer Mordserie ums Leben kommt. Durch die Nekromantin Yu als Zombie wieder erweckt, lebt er sein Leben normal weiter. Jedoch wird er nun mit Dingen wie Maso Shojo und Vampirninja konfrontiert, die in seiner Welt für ihn zuvor nicht einmal existierten. Durch einen Unfall übernahm er die Fähigkeiten einer Maso Shojo und muss nun ihre Pflichten als Magical Girl erfüllen. Mit der Zeit füllt sich sein einst ruhiges Haus mit immer mehr unterschiedlichen übernatürlichen Mädchen.