Phantasy Star Online 2: Episode Oracle adaptiert die ersten drei von fünf Episoden des gleichnamigen Videospiels als Anime und befasst sich mit der Kolonieflotte Oracle, die auf der Suche nach einem neuen bewohnbaren Planeten ist. Während die Mitglieder der Organisation ARKS sich also für eine Erkundung auf den Planeten Naberius begeben, treffen sie nicht nur auf ein Mädchen, das den Großteil seiner Erinnerungen verloren hat, sondern sehen sich auch noch mit den gefährlichen Kreaturen Darkers konfrontiert. Bei weiterer Erkundung des Planeten entdecken sie sowohl die Wahrheit über diesen als auch den Grund für die erhöhte Aktivität der Darkers und auch ihre eigene Organisation, ARKS, scheint weit mehr Geheimnisse zu hüten, als die jungen Menschen zunächst annahmen.

Auf dem Planeten Harukotan endet der langjährige Frieden zwischen den Shironian und den Kuronites, als die Kuronites urplötzlich zum Angriff übergehen. Auch hier muss ARKS wieder einschreiten und soll die Hintergründe für den Angriff untersuchen. Gefangen zwischen den Fronten, müssen die Mitglieder von ARKS feststellen, dass die Wahrheit hinter dem Krieg weit komplizierter und grausamer ist, als sie erwarteten …

Anmerkung:
Neben den ersten drei Episoden des Spiels wurde für den Anime auch originales Material produziert.