In der Heimatstadt von Yu Narukami geschehen seltsame Mordfälle. Während seiner Ermittlungen entdeckt Narukami eine Parallelwelt, als er zusammen mit zwei Schulfreunden in einen Fernseher gezogen wird. Dort stehen sie Monstern gegenüber, die die drei nur mit Hilfe ihrer Personas, Schattenwesen, die ihre Seele widerspiegeln, bekämpfen können. Zusammen als Team versuchen sie mit ihren Personas die Zusammenhänge zwischen der Fernsehwelt und der Realität zu ergründen.