Der Anime-Film »Ni no Kuni«, der auf der gleichnamigen Spielreihe basiert, erzählt die Geschichte um die drei Kindheitsfreunde Yuu, Haru und Kotona. Yuu ist der beste Schüler an ihrer gemeinsamen Schule und hegt heimlich Gefühle für Kotona. Diese ist allerdings bereits mit Haru, Yuus bestem Freund und dem Star-Spieler des Basketballclubs, zusammen. Als Kotona jedoch eines Tages plötzlich angegriffen wird, schreiten Yuu und Haru sofort ein, um sie zu beschützen, nur um sich selbst auf einmal in einer Parallelwelt wiederzufinden. So landen die beiden in der magischen Welt »Ni no Kuni« (wörtlich: »Zweites Land«), die sich zwar von ihrer eigentlichen Welt unterscheidet, mit dieser aber dennoch verbunden zu sein scheint.

In »Ni no Kuni« treffen sie auf Prinzessin Asha, die Kotona zum Verwechseln ähnlich sieht, und Yuu fühlt sich sofort zu ihr hingezogen. Doch das Leben ist nicht fair und das Schicksal spielt so manchen bösen Streich: Wenn die beiden Freunde Kotona retten wollen, müssen sie Prinzessin Asha opfern – nur eine der beiden kann leben! Yuu möchte Asha beschützen, doch Haru kann und wird seine Kotona nicht aufgeben. Welche Entscheidung werden Yuu und Haru treffen, nun, da sie mit dieser grausamen Wahl konfrontiert sind …?