Lord El-Melloi II-sei no Jikenbo: Rail Zeppelin Grace Note, die Anime-Adaption zu Makoto Sandas »Lord El-Melloi II-sei no Jikenbo«-Light-Novel, setzt die Geschichte um Waver Velvet fort. Zehn Jahre sind seit dem Vierten Krieg um den Heiligen Gral 1994 vergangen und Waver, der nun unter seinem offiziellen Titel »Lord El-Melloi II« bekannt ist, unterrichtet jetzt an der renommiertesten Magierschule der Welt, dem Clock Tower, unter dem wachsamen Auge der Mages’ Association. Dort hat er als Erbe Kayneth El-Melloi Archibalds nicht nur die Leitung des Instituts für moderne Magiekunde übernommen, sondern ist auch der vorübergehende Kopf des El-Melloi-Haushalts, bis seine Adoptivschwester Reine – die eigentliche Erbin – ihre Volljährigkeit erreicht. Während er sich aufgrund seiner sozial eher wackeligen Stellung sowie der Wahl seines Fachbereichs immer wieder dem Spott und dem Hass seiner Kollegen ausgeliefert sieht, ist er bei seinen Schülern ein durchaus beliebter und überaus respektierter Lehrer und Forscher.

In der Welt der Magie wimmelt es nur so von Mysterien und Geheimnissen und als sich in London merkwürdige Vorfälle, die alle mit Magie zu tun haben, häufen, ist es an Waver – Nein! An Lord El-Melloi II –, sich diesen Fällen anzunehmen! Unterstützt wird er dabei sowohl von der geheimnisvollen Gray, deren Ähnlichkeit zu Artoria Pendragon ihm immer noch zu schaffen macht, als auch von seinen treuen Schülern Svin und Flat. So lösen die vier die verschiedensten magischen Rätsel und Vorfälle in London und nähern sich Stück für Stück auch der Wahrheit um die geheime Organisation, mit der sie selbst zusammenarbeiten …