Die Suche nach dem Mörder ihres Vaters führt die Schülerin Ryuuko, Trägerin eines scherenförmigen Schwerts, zur Honnouji Akademie, die unter dem gnadenlosen Regime der Schulsprecherin Satsuki steht. Um die Wahrheit zu erfahren, muss sie es mit Eliteschülern aufnehmen, deren spezielle Schuluniformen ihnen übernatürliche Macht verleihen. Ryuuko bleibt nichts anderes übrig, als selbst in eine solche Uniform zu schlüpfen und Kräfte zu entfesseln, von denen sie nie zu träumen wagte.