Als plötzlich die mysteriösen, fliegenden Kreaturen, bekannt als Zai, erscheinen, erschafft die Menschheit ein Kampfflugzeug namens „Daughters“ sowie den automatischen Kampfmechanismus „Anima“, die wie menschliche Mädchen geformt sind, um die Kreaturen zu bekämpfen.

Die Geschichte handelt von einem jungen Mann namens Kei Narutani, der sich danach sehnt, in den Himmel zu fliegen und der Anima Guripen, die als Trumpfkarte der Menschheit gilt.