Gakuen Basara steckt die altbekannten Gesichter aus Sengoku Basara in eine völlig neue Umgebung: in die Schule! Während das Ass des Baseballclubs, Date Masamune, und das Ass des Fußballclubs, Akita Sanada, sich bekriegen, wird der frühere Schülerratspräsident, Toyotomi Hideyoshi, der Schule verwiesen. Es beginnen eine turbulente Zeit voller Chaos und der Kampf um die Nachfolge des Präsidenten! Tokugawa Ieyasu kämpft um den Platz, doch er ist dabei nicht allein, denn Ishida Mitsunari brennt mit dem Gedanken, Ieyasu zu stürzen. Inmitten dieses Kampfes um die Krone schießt jedoch auch fast tagtäglich eine neue Liebe aus dem Boden … Kann es in dieser chaotischen Schule tatsächlich noch ein Morgen geben?