Eingeschränkt und zurückgezogen – so muss die Menschheit im Jahre 2045 leben, da die Welt von geheimnisvollen Angreifern überrannt wurde. Die Einzigen, die unerschrocken gegen die Invasoren kämpfen, sind gewöhnliche Mädchen, und das ohne besonders große Armeen oder viele Waffen. Dazu gibt es die Shinjugamine Girls Academy, die sich das Ziel gesetzt hat, solche Mädchen zu Hoshimori auszubilden, damit sie für den Kampf um die Menschheit wahrlich gewappnet sind.